Les geckos sont des squamates, c'est-à-dire que ce sont des reptiles qui muent à intervalle régulier. La majorité des geckos ne possède pas de paupière mobile. Les yeux sont protégés par une écaille transparente (comme chez les serpents). La plupart des geckos arboricoles présente des lamelles adhésives sous les doigts, qui leur permettent de grimper sur toutes les surfaces, y compris les plus lisses. Ils peuvent ainsi marcher sur un plafond sans problème. D'autres comme les "Rhacodactylus ciliatus" présentent aussi ces particularités sur leur queue en plus de leurs doigts; de nombreuses espèces peuvent émettre des sons, en général des claquements ou de courts cris puissants (exemple: le "Gekko gecko" appelé aussi gecko "tokay" en raison de son cri qui ressemble à ces syllabes); ils possèdent une très bonne ouïe, supérieure à celle de la plupart des autres lézards; bien qu'utilisant beaucoup leur odorat, ils sont également dotés d'une bonne vue et chassent généralement en se basant sur les mouvements de leurs proies.
Du point de vue de la taille les geckos sont de petits reptiles. Les plus grands dépassent de peu les 30 cm ("Uroplatus", "Phelsuma") et le plus petit connu fait moins de 2 cm à l'âge adulte ("Sphaerodactylus ariasae").